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FFmpeg最新版(2014/07/05現在)、rev.64426(d5818c3)のWindows用バイナリを置いておきます。

ffmpeg_bin-64426.zip
ffmpeg_bin_pentium4-64426.zip (Pentium4最適化版)
ffmpeg_bin_core2-64426.zip (Core2最適化版)
ffmpeg_bin_athlon64-64426.zip (Athlon64最適化版)
ffmpeg_bin_phenom-64426.zip (Phenom最適化版)

ffplay_bin-64426.zip
ffprobe_bin-64426.zip

以下のライブラリをアップデートしました。

libcdio-0.92 (Win32 IOCTLパッチ)
libilbc-1.1.1-20140609-git-91f1a5c
libogg-1.3.2
libvpx-v1.3.0-3385-g3643544
x265 1.1+253-11c808e562b8


バイナリはどれを使っても大丈夫だと思いますが、SSE2に対応していないCPU(Duron、Sempronの一部、Pentium3など)をお使いの方は、最適化無し版を使ってみてください。

最適化無し版でもエラーが出る場合は、サポート外とします。

zipファイルを解凍すると、ffmpeg.exeが出てきますので、携帯動画変換君のcoresフォルダに置くなり、単体で使うなりしてください。

携帯動画変換君のffmpeg.exeとは、オプションの互換性がありませんので、上書きする際はご注意ください。

FFmpegのコンパイルは、以下の記事を参考にしてください。
FFmpegのコンパイル (2014/02/17)

コンパイル環境：MinGW gcc-4.8.3
binutils-2.24
mingw-w64-v3.1.0

各ライブラリのバージョンは、以下の通りです。
nasm-2.11.05
yasm-1.2.0
zlib-1.2.8
bzip2-1.0.6
libbluray-0.5.0
libcaca-0.99.beta19
libcdio-0.92 (Win32 IOCTLパッチ)
libcdio-paranoia-10.2+0.90+1
game-music-emu-0.6.0
gsm-1.0.13
libilbc-1.1.1-20140609-git-91f1a5c
libmodplug-0.8.8.5
lame-3.99.5
openjpeg-1.5.1
opus-1.1
opencore-amr-0.1.3
vid.stab-0.98-20140104-git-94ac25d
vo-aacenc-0.1.3
vo-amrwbenc-0.1.3
polarssl-1.3.7
rtmpdump-2.4-20140303-git-79459a2 PolarSSL版
libogg-1.3.2
aoTuV Beta6.03 (2014)
libtheora-1.1.1
speex-1.2rc1
twolame-0.3.13
libsoxr-0.1.1
libvpx-v1.3.0-3385-g3643544
wavpack-4.70.0
libwebp-0.4.0
x264 rev.2431 git-ac76440 (make fprofiled)
x265 1.1+253-11c808e562b8
xvidcore-1.3.3
libiconv-1.14
freetype-2.5.3
expat-2.1.0
fontconfig-2.11.1
fribidi-0.19.6
libass-0.11.2
SDL-1.2.15

最適化オプションは、以下のようにしています。

最適化無し版
--extra-cflags="-march=i686 -mtune=generic" --enable-memalign-hack

Pentium4最適化版
--extra-cflags="-mtune=pentium4 -mfpmath=sse -msse" --cpu=pentium4

Core2最適化版
--extra-cflags="-mtune=core2 -mfpmath=sse -msse" --cpu=i686

Athlon64最適化版
--extra-cflags="-mtune=athlon64 -mfpmath=sse -msse" --cpu=i686

Phenom最適化版
--extra-cflags="-mtune=amdfam10 -mfpmath=sse -msse" --cpu=i686

$ ./configure --enable-gpl --enable-version3 --enable-avisynth --enable-fontconfig --enable-libass --enable-libbluray --enable-libcaca --enable-libcdio --enable-libfreetype --enable-libgme --enable-libgsm --enable-libilbc --enable-libmodplug --enable-libmp3lame --enable-libopencore-amrnb --enable-libopencore-amrwb --enable-libopenjpeg --enable-libopus --enable-librtmp --enable-libsoxr --enable-libspeex --enable-libtheora --enable-libtwolame --enable-libvidstab --enable-libvo-aacenc --enable-libvo-amrwbenc --enable-libvorbis --enable-libvpx --enable-libwavpack --enable-libwebp --enable-libx264 --enable-libx265 --enable-libxvid --enable-opengl --disable-outdev=sdl --enable-w32threads --disable-debug --extra-ldflags=-static --extra-cflags="-mtune=athlon64 -mfpmath=sse -msse" --optflags="-O2 -finline-functions"

※--extra-cflagsは、最適化の種類により異なります。