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Pthreadsは、以下の場所にあります。
http://sourceware.org/pthreads-win32/

以下の場所から、
ftp://sourceware.org/pub/pthreads-win32/
pthreads-w32-2-8-0-release.tar.gzを、適当なディレクトリに保存します。
2009/2/11追記
cvsでダウンロードできる、pthreads-w32-2-9-0のソースを置いておきますので、こちらをご利用下さい。
pthreads-w32-2-9-0-release.tar.gz

2007/7/30追記
どうせなら、pthreadもstaticライブラリにしてしまいます。
pthreadGC2.dllが不要になります。

2007/8/18追記
staticライブラリにしてしまうと、x264のエンコードでエラーが出て、まともに動きませんでしたので、元に戻しました。
ffmpegをコンパイルするときに、libpthread.aをstaticリンクします。

MSYSで、ファイルを保存したディレクトリに移動し、
$ tar xzf pthreads-w32-2-8-0-release.tar.gz
$ cd pthreads-w32-2-8-0-release
$ tar xzf pthreads-w32-2-9-0-release.tar.gz
$ cd pthreads
$ make clean GC-static
$ cp pthreadGC2.dll /mingw/bin/.
$ cp libpthreadGC2.a /mingw/lib/libpthread.a
$ cp pthread.h /mingw/include/.
$ cp sched.h /mingw/include/.
$ cp semaphore.h /mingw/include/.

libpthreadGC2.aは、ファイル名をlibpthread.aに変更して、コピーするのがミソです。
pthreadGC2.dllのファイル名は変更しません。
ヘッダファイル3つも、忘れずにコピーして下さい。

以上で終了です。