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FFmpeg最新版(2016/09/29現在)、rev.81827(81bab10)のWindows用バイナリを置いておきます。

ffmpeg_bin-81827.zip
ffmpeg_bin_pentium4-81827.zip (Pentium4最適化版) QSV対応
ffmpeg_bin_core2-81827.zip (Core2最適化版) QSV対応
ffmpeg_bin_athlon64-81827.zip (Athlon64最適化版)
ffmpeg_bin_phenom-81827.zip (Phenom最適化版)

ffplay_bin-81827.zip
ffprobe_bin-81827.zip

2016/10/14 追記
SDL2のconfigureオプションに「--disable-assembly」を追加して、ビルドし直してffplayだけアップしました。
ffplay_bin-81827-2.zip


以下のライブラリをアップデートしました。

gsm-1.0.16
Kvazaar v0.8.3-288-g23dc9a0
OpenH264 v1.6.0-20160928-git-f911895
openjpeg-2.1.2
gnutls-3.4.15
snappy-1.1.3 (新規追加)
libvpx-v1.6.0-463-g70240a7
x264 rev.2705 git-3f5ed56
x265 2.1+11-a3d4e3b13c6c
freetype-2.7
libass-0.13.3
SDL2-2.0.4 (SDL-1.2.15と入れ替え)


バイナリはどれを使っても大丈夫だと思いますが、SSE2に対応していないCPU(Duron、Sempronの一部、Pentium3など)をお使いの方は、最適化無し版を使ってみてください。

最適化無し版でもエラーが出る場合は、サポート外とします。

zipファイルを解凍すると、ffmpeg.exeが出てきますので、携帯動画変換君のcoresフォルダに置くなり、単体で使うなりしてください。

携帯動画変換君のffmpeg.exeとは、オプションの互換性がありませんので、上書きする際はご注意ください。

FFmpegのビルドは、以下の記事を参考にしてください。
FFmpegのビルド (2014/02/17)

ビルド環境：MinGW gcc-5.4.0
binutils-2.27
mingw-w64-v4.0.6

各ライブラリのバージョンは、以下の通りです。
nasm-2.12.02
yasm-1.3.0
zlib-1.2.8
bzip2-1.0.6
libbluray-0.9.3
libbs2b-3.1.0
libcaca-0.99.beta19
libcdio-0.93
libcdio-paranoia-10.2+0.93+1
game-music-emu-0.6.0
gsm-1.0.16
libilbc-2.0.3-dev-20160405-git-746f8e2
Kvazaar v0.8.3-288-g23dc9a0
libmodplug-0.8.8.5
lame-3.99.5
OpenH264 v1.6.0-20160928-git-f911895
openjpeg-2.1.2
opus-1.1.3
opencore-amr-0.1.3
vid.stab-v1.1-20150529-git-97c6ae2
vo-amrwbenc-0.1.3
gmp-6.1.1
nettle-3.2
gnutls-3.4.15
rtmpdump-2.4-20151223-git-fa8646d GnuTLS版
snappy-1.1.3
libogg-1.3.2
aoTuV Beta6.03 (2015)
libtheora-1.1.1
speex-1.2rc2
twolame-0.3.13
libsoxr-0.1.2
libvpx-v1.6.0-463-g70240a7
wavpack-4.80.0
libwebp-0.5.1
x264 rev.2705 git-3f5ed56 (make fprofiled)
x265 2.1+11-a3d4e3b13c6c
xvidcore-1.3.4
libiconv-1.14
freetype-2.7
expat-2.2.0
fontconfig-2.12.1
fribidi-0.19.7
libass-0.13.3
SDL2-2.0.4
xz-5.2.2
zimg-2.1
mfx_dispatch-20160317-git-7adf2e4


最適化オプションは、以下のようにしています。

最適化無し版
--extra-cflags="-march=i686 -mtune=generic" --enable-memalign-hack

Pentium4最適化版
--extra-cflags="-mtune=pentium4 -mfpmath=sse -msse" --cpu=pentium4

Core2最適化版
--extra-cflags="-mtune=core2 -mfpmath=sse -msse" --cpu=i686

Athlon64最適化版
--extra-cflags="-mtune=athlon64 -mfpmath=sse -msse" --cpu=i686

Phenom最適化版
--extra-cflags="-mtune=amdfam10 -mfpmath=sse -msse" --cpu=i686


QSV対応版は、「--enable-libmfx」を追加しています。
最適化無し版は、「--disable-dxva2」を追加しています。

今回より、「--enable-libsnappy」を追加、sdlをsdl2に変更しました。

$ ./configure --enable-gpl --enable-version3 --enable-avisynth --enable-fontconfig --enable-gnutls --enable-libass --enable-libbluray --enable-libbs2b --enable-libcaca --enable-libcdio --enable-libfreetype --enable-libfribidi --enable-libgme --enable-libgsm --enable-libilbc --enable-libkvazaar --enable-libmodplug --enable-libmp3lame --enable-libopencore-amrnb --enable-libopencore-amrwb --enable-libopenh264 --enable-libopenjpeg --enable-libopus --enable-librtmp --enable-libsnappy --enable-libsoxr --enable-libspeex --enable-libtheora --enable-libtwolame --enable-libvidstab --enable-libvo-amrwbenc --enable-libvorbis --enable-libvpx --enable-libwavpack --enable-libwebp --enable-libx264 --enable-libx265 --enable-libxvid --enable-libzimg --enable-opengl --disable-outdev=sdl2 --enable-w32threads --disable-debug --pkg-config-flags=--static --extra-ldflags=-static --extra-cflags="-mtune=athlon64 -mfpmath=sse -msse" --optflags="-O2 -finline-functions"

※--extra-cflagsは、最適化の種類により異なります。