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Xvidは、以下の場所にあります。
http://www.xvid.org/

2009/06/04 追記
最新版は1.2.2です。
以下、1.2.1を1.2.2と読み替えてください。
パッチは1.2.1用のをご利用ください。

Developers welcome
More at Xvid codec
から進むと、右の方にソースファイルへのリンクがあります。
Developer Downloads
↓Xvid 1.2.1 final source code

xvidcore-1.2.1.tar.gzを、適当なディレクトリに保存します。

gcc4でコンパイルした場合、libx264とlibxvidcoreを一緒にリンクすると、x264のエンコードでcrashするという問題があります。
後でパッチを適用しますが、どんなものか説明します。

src/utils/x86_asm/cpuid.asm
63行目の後に、ALIGN 16を追加。

vendorAMD:
db "AuthenticAMD"
ALIGN 16

以下、コンパイルの手順です。

MSYSで、ファイルを保存したディレクトリに移動し、
$ tar xzf xvidcore-1.2.1.tar.gz
$ cd xvidcore

ここで、pthread関連と、上記ALIGN 16のパッチxvidcore-1.2.1-pthreads.diffを適用します。

$ patch -p1 < xvidcore-1.2.1-pthreads.diff

その他、VAQ-patchというのも、とりあえず適用してみます。

VAQ: Making Xvid's Adaptive Quantization Not Suck
http://forum.doom9.org/showthread.php?t=135093
より、Patchのリンク先にある、以下のページから、
http://pastebin.com/f1718874b
f1718874b.txtをダウンロード。

$ patch -p1 < f1718874b.txt

あとは、以下の手順でコンパイル＆インストールします。
$ cd build/generic/
$ ./bootstrap.sh
$ ./configure --prefix=/mingw
$ make
$ make install

最後に、xvidcore.aのファイル名を、libxvidcore.aに変更します。
$ mv /mingw/lib/xvidcore.a /mingw/lib/libxvidcore.a

以上で終了です。