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FFmpeg最新版(2009/2/17現在)、rev.17394のWindows用バイナリを置いておきます。

2009/2/3に、kyojeeさんが教えてくださったパッチが、正式に取り込まれているようです。
http://lists.mplayerhq.hu/pipermail/ffmpeg-devel/2008-December/057353.html

その他、特に大きな変更はありませんので、前回まで使用できていた方は、問題なく動作すると思います。

ffmpeg_bin-17394.zip
ffmpeg_bin_pentium4-17394.zip (Pentium4最適化版)
ffmpeg_bin_core2-17394.zip (Core2最適化版)
ffmpeg_bin_athlon64-17394.zip (Athlon64最適化版)

以下のライブラリをアップデートしました。
x264 rev.1114

今回も自前でビルドしたMinGW gcc4.3.3を使用しています。

バイナリはどれを使っても大丈夫だと思いますが、SSE2に対応していないCPU(Sempronの一部など)をお使いの方は、最適化無し版を使ってみてください。

zipファイルを解凍すると、ffmpeg.exeが出てきますので、携帯動画変換君のcoresフォルダに置くなり、単体で使うなりしてください。
pthreadGC2.dllは不要です。

携帯動画変換君のffmpeg.exeとは、オプションの互換性がありませんので、上書きする際はご注意ください。

携帯動画変換君の設定は、こちらの記事を参考にしてください。

FFmpegのコンパイルは、こちらの記事を参考にしてください。

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コンパイル環境：MinGW gcc4.3.3

各ライブラリのバージョンは、以下の通りです。
nasm-2.05.1
yasm-0.7.2
pthreads-w32 release 2.9.0
zlib-1.2.3
faac-1.28
faad2-2.7
gsm-1.0.12
lame-398-2
libnut-661
libogg-1.1.3
libvorbis-1.2.0
libtheora-1.0
x264 rev.1114
xvidcore-1.2.1

最適化オプションは、以下のようにしています。
configureのオプションに--enable-smallを付けると、gccのオプションに-Osが付き、-O4にしても無駄なことが分かりましたので、-O4は外しました。
--enable-smallを付けなければ、gccのオプションに-O3が付きます。

最適化無し版
--extra-cflags="-mtune=generic -mno-sse2"

Pentium4最適化版
--extra-cflags="-mtune=pentium4 -mfpmath=sse -msse"

Core2最適化版
--extra-cflags="-mtune=core2 -mfpmath=sse -msse"

Athlon64最適化版
--extra-cflags="-mtune=athlon64 -mfpmath=sse -msse"

configureオプションは以下の通りです。
$ ./configure --enable-memalign-hack --enable-postproc --enable-swscale --enable-gpl --enable-libfaac --disable-decoder=aac --enable-libfaad --enable-libgsm --enable-libmp3lame --enable-libnut --enable-libvorbis --enable-libtheora --enable-libx264 --enable-libxvid --disable-ffserver --disable-ffplay --enable-avisynth --enable-small --enable-pthreads --extra-ldflags=-static --extra-cflags="-mtune=athlon64 -mfpmath=sse -msse"

※--extra-cflagsは、最適化の種類により異なります。

configureのメッセージはこちら。