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FFmpeg最新版(2010/3/27現在)、rev.22701のWindows用バイナリを置いておきます。

内蔵AACのエンコード(出力)は実験段階のため、まだ音質は良くないです。
まともに動作するようになるまでは、Nero AAC コーデックを使用した音声AAC動画の作成方法を、こちらの記事に書きましたので、参考にしてください。

また、x264について、一番多く質問が寄せられるエラーの説明を記事にしましたので、思い当たる方は、ぜひご一読ください。
x264のエンコードでエラー（Error while opening encoder for output stream #0.0）

ffmpeg_bin-22701.zip
ffmpeg_bin_pentium4-22701.zip (Pentium4最適化版)
ffmpeg_bin_core2-22701.zip (Core2最適化版)
ffmpeg_bin_athlon64-22701.zip (Athlon64最適化版)
ffmpeg_bin_phenom-22701.zip (Phenom最適化版)

以下のライブラリをアップデートしました。
zlib-1.2.4
lame-3.98.4
libogg-1.2.0
libvorbis-1.3.1

その他、FFmpegからx264のパラメータを設定をするオプションが増えました。
特に設定しなければ、今までと変わりません。
-flags2
　psy
　ssim
-psy_rd (default 1.0)
-psy_trellis (default 0)
-aq_mode (default 1)
-aq_strength (default 1.0)
-rc_lookahead (default 40)

パラメータを変えてみたい方は、以下のサイトを参考にしてみてください。
私は上記のパラメータをいじったことがないので分かりません。
http://mewiki.project357.com/wiki/X264_Settings
http://sites.google.com/site/linuxencoding/x264-ffmpeg-mapping


バイナリはどれを使っても大丈夫だと思いますが、SSE2に対応していないCPU(Duron、Sempronの一部、Pentium3など)をお使いの方は、最適化無し版を使ってみてください。

最適化無し版でもエラーが出る場合は、サポート外とします。

zipファイルを解凍すると、ffmpeg.exeが出てきますので、携帯動画変換君のcoresフォルダに置くなり、単体で使うなりしてください。
pthreadGC2.dllは不要です。

携帯動画変換君のffmpeg.exeとは、オプションの互換性がありませんので、上書きする際はご注意ください。

FFmpegのコンパイルは、こちらの記事を参考にしてください。

コンパイル環境：MinGW gcc4.4.3

各ライブラリのバージョンは、以下の通りです。
nasm-2.08.01
yasm-0.8.0
pthreads-w32 release 2.9.0
zlib-1.2.4
bzip2-1.0.5
faac-1.28(deleted)
faad2-2.7
gsm-1.0.13
lame-3.98.4
libnut-664(deleted)
opencore-amr-0.1.2
libogg-1.2.0
libvorbis-1.3.1
libtheora-1.1.1
x264 rev.1471
xvidcore-1.2.2

最適化オプションは、以下のようにしています。
configureのオプションに--enable-smallを付けると、gccのオプションに-Osが付きます。
--enable-smallを付けなければ、gccのオプションに-O3が付きます。

最適化無し版
--extra-cflags="-march=i686 -mtune=generic -fno-strict-aliasing"

Pentium4最適化版
--extra-cflags="-mtune=pentium4 -mfpmath=sse -msse -fno-strict-aliasing"

Core2最適化版
--extra-cflags="-mtune=core2 -mfpmath=sse -msse -fno-strict-aliasing"

Athlon64最適化版
--extra-cflags="-mtune=athlon64 -mfpmath=sse -msse -fno-strict-aliasing"

Phenom最適化版
--extra-cflags="-mtune=amdfam10 -mfpmath=sse -msse -fno-strict-aliasing"

configureオプションは以下の通りです。
$ ./configure --enable-memalign-hack --enable-postproc --enable-gpl --enable-version3 --enable-libopencore-amrnb --enable-libopencore-amrwb --enable-libfaad --disable-decoder=aac --enable-libgsm --enable-libmp3lame --enable-libvorbis --enable-libtheora --enable-libxvid --enable-libx264 --disable-ffserver --disable-ffplay --disable-ffprobe --enable-avisynth --enable-small --enable-pthreads --extra-ldflags=-static --extra-cflags="-mtune=athlon64 -mfpmath=sse -msse -fno-strict-aliasing"

※--extra-cflagsは、最適化の種類により異なります。

configureのメッセージはこちら。