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いよいよ、FFmpegのコンパイルです。

2007/12/11追記
情報が古い部分もありますので、書き直しました。
こちらの記事をどうぞ。

以下のライブラリは、あらかじめインストールしておいてください。
この記事を書いた時点より、新しくなっているものもありますので、それぞれの記事で確認してください。
nasm-0.98.39
yasm-0.6.2
pthreads-w32-2-8-0-release
zlib-1.2.3
a52dec-0.7.4
amrnb-6.1.0.4 (3GPP 26104-610)
amrwb-7.0.0.1 (3GPP 26204-700)
faac-1.25
faad2-2.5
gsm-1.0.12
lame-3.97
libnut-503
libogg-1.1.3
libvorbis-1.1.2
libtheora-1.0alpha7
x264 rev.667
xvidcore-1.1.3

FFmpegは、以下の場所にあります。
http://ffmpeg.mplayerhq.hu/

x264と同様、svnがインストールされていれば、以下のようにして、ソースファイルを拾ってこれます。
$ svn co svn://svn.mplayerhq.hu/ffmpeg/trunk ffmpeg

svnがインストールされていない場合でも、とりあえず、snapshotのソースファイルを拾ってくればコンパイルできます。

Download and SVNから、
http://ffmpeg.mplayerhq.hu/download.html
full checkoutの、
ffmpeg-checkout-snapshot.tar.bz2を、適当なディレクトリに保存します。

MSYSで、ファイルを保存したディレクトリに移動し、
$ tar xjf ffmpeg-checkout-snapshot.tar.bz2
$ cd ffmpeg-checkout-2007-07-21

ソースファイルを展開して作成されるディレクトリは、snapshotの日付になっていますので、その時点のディレクトリ名に読み替えて下さい。

configureを、以下のように修正します。
25〜51行目をコメントアウト、または、削除します。
shellの判定ルーチンで、引っかからないようにします。
#if test "$E1" != 0 || test "$E2" = 0; then
# echo "Broken shell detected. Trying alternatives."
...
# exit 1
#fi

328行目、以下のように"&& renurn"を削除します。
修正前) flags_saved && renurn
修正後) flags_saved

2007/7/26、7/30追記
1576行目に、 -lpthread -lwsock32を追加。
修正前) enabled libx264 && require x264 x264.h x264_encoder_open -lx264
修正後) enabled libx264 && require x264 x264.h x264_encoder_open -lx264 -lpthread -lwsock32

1541行目の後、以下のように、elif check_libから2行追加します。
if enabled pthreads; then
if check_func pthread_create; then
:
elif check_func pthread_create -pthread; then
add_cflags -pthread
add_ldflags -pthread
elif check_func pthread_create -pthreads; then
add_cflags -pthreads
add_ldflags -pthreads
elif check_lib pthread.h pthread_create -lpthread -lwsock32; then
add_cflags -DPTW32_STATIC_LIB
elif ! check_lib pthread.h pthread_create -lpthread; then
die "ERROR: can't find pthreads library"
fi
fi

次に、libavformat/vocenc.cの22行目あたりに、以下の行を追加します。
#include <pthread.h>
2007/8/18追記
libavformat/vocenc.cの修正は不要になりました。

2007/8/18追記
次に、libavcodec/pthread.cを修正します。
パッチファイルffmpeg-PTW32_STATIC_LIB.diffをダウンロードして、以下のコマンドを実行。
$ patch -p0 < ffmpeg-PTW32_STATIC_LIB.diff

修正が終わったら、configureを実行します。
$ ./configure --enable-memalign-hack --enable-pp --enable-swscaler --enable-gpl --enable-liba52 --enable-libamr-nb --enable-libamr-wb --enable-libfaac --enable-libfaad --enable-libgsm --enable-libmp3lame --enable-libnut --enable-libogg --enable-libvorbis --enable-libtheora --enable-libx264 --enable-libxvid --disable-ffserver --disable-ffplay --enable-avisynth --enable-small --enable-pthreads --extra-ldflags=-static

問題なければ、以下のようなメッセージが出ます。
install prefix /usr/local
source path /c/TEMP/ffmpeg-checkout-2007-07-21
C compiler gcc
make make
.align is power-of-two no
ARCH x86_32 (generic)
big-endian no
MMX enabled yes
CMOV enabled no
CMOV is fast no
gprof enabled no
debug symbols yes
strip symbols yes
optimize small
static yes
shared no
postprocessing support yes
software scaler enabled yes
video hooking no
network support no
threading support pthreads
SDL support no
Sun medialib support no
AVISynth enabled yes
liba52 support yes
liba52 dlopened no
libamr-nb support yes
libamr-wb support yes
libfaac enabled yes
libfaad enabled yes
libfaad dlopened no
libgsm enabled yes
libmp3lame enabled yes
libnut enabled yes
libogg enabled yes
libtheora enabled yes
libvorbis enabled yes
x264 enabled yes
XviD enabled yes
zlib enabled yes
License: GPL
Creating config.mak and config.h...

libgsmとlibnutは、良くわからなかったので入れていません。
2007/07/31追記
libgsmとlibnutを追加しました。
--enable-pp --enable-swscaler も追加しました。

その後、
$ make

ffmpeg.exeが出来ていれば完了です。