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FFmpeg最新版(2011/12/08現在)、rev.35550(31c55c5)のWindows用バイナリを置いておきます。

内蔵AACエンコーダは、まだ実験段階のため、以前使用していたlibfaacや、neroAacEncに比べると音質は良くないです。
まともに動作するようになるまでは、neroAacEncを使用した音声AAC動画の作成方法を、こちらの記事に書きましたので、参考にしてください。

また、x264について、一番多く質問が寄せられるエラーの説明を記事にしましたので、思い当たる方は、ぜひご一読ください。
x264のエンコードでエラー（Error while opening encoder for output stream #0.0）

ffmpeg_bin-35550.zip
ffmpeg_bin_pentium4-35550.zip (Pentium4最適化版)
ffmpeg_bin_core2-35550.zip (Core2最適化版)
ffmpeg_bin_athlon64-35550.zip (Athlon64最適化版)
ffmpeg_bin_phenom-35550.zip (Phenom最適化版)

以下のライブラリをアップデートしました。
libcdio-0.84git-2fea515
lame-3.99.3
polarssl-1.1.0-rc0
libvpx-v0.9.7-p1-183
x264 rev.2120

以下のライブラリを新規追加しました。
libiconv-1.13.1
freetype-2.4.8
expat-2.0.1
fontconfig-2.8.0
fribidi-0.19.2
libass-0.10.0


バイナリはどれを使っても大丈夫だと思いますが、SSE2に対応していないCPU(Duron、Sempronの一部、Pentium3など)をお使いの方は、最適化無し版を使ってみてください。

最適化無し版でもエラーが出る場合は、サポート外とします。

zipファイルを解凍すると、ffmpeg.exeが出てきますので、携帯動画変換君のcoresフォルダに置くなり、単体で使うなりしてください。

携帯動画変換君のffmpeg.exeとは、オプションの互換性がありませんので、上書きする際はご注意ください。

FFmpegのコンパイルは、以下の記事を参考にしてください。
FFmpegのコンパイル (2011/07/31) w32threads

コンパイル環境：MinGW gcc4.6.2
binutils-2.22
mingwrt-3.20
w32api-3.17

各ライブラリのバージョンは、以下の通りです。
nasm-2.09.10
yasm-1.2.0
zlib-1.2.5
bzip2-1.0.6
libcdio-0.84git-2fea515
gsm-1.0.13
libmodplug-0.8.8.4
lame-3.99.3
opencore-amr-0.1.2
vo-aacenc-0.1.1
vo-amrwbenc-0.1.1
polarssl-1.1.0-rc0
rtmpdump-2.4-20111115 PolarSSL版
libogg-1.3.0
aoTuV Beta6.03 (libvorbis-1.3.2)
libtheora-1.1.1
speex-1.2rc1
libvpx-v0.9.7-p1-183
x264 rev.2120 (make fprofiled)
xvidcore-1.3.2
libiconv-1.13.1
freetype-2.4.8
expat-2.0.1
fontconfig-2.8.0
fribidi-0.19.2
libass-0.10.0

最適化オプションは、以下のようにしています。

最適化無し版
--extra-cflags="-march=i686 -mtune=generic"

Pentium4最適化版
--extra-cflags="-mtune=pentium4 -mfpmath=sse -msse"

Core2最適化版
--extra-cflags="-mtune=core2 -mfpmath=sse -msse"

Athlon64最適化版
--extra-cflags="-mtune=athlon64 -mfpmath=sse -msse"

Phenom最適化版
--extra-cflags="-mtune=amdfam10 -mfpmath=sse -msse"

configureオプションは以下の通りです。
$ ./configure --enable-gpl --enable-version3 --enable-avisynth --enable-libass --enable-libopencore-amrnb --enable-libopencore-amrwb --enable-libcdio --enable-libfreetype --enable-libgsm --enable-libmodplug --enable-libmp3lame --enable-librtmp --enable-libspeex --enable-libvorbis --enable-libtheora --enable-libvo-aacenc --enable-libvo-amrwbenc --enable-libvpx --enable-libx264 --enable-libxvid --disable-ffplay --disable-ffprobe --disable-ffserver --enable-w32threads --extra-ldflags=-static --extra-cflags="-mtune=athlon64 -mfpmath=sse -msse" --optflags="-O2 -finline-functions"

※--extra-cflagsは、最適化の種類により異なります。