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2008/4/14追記
以下の修正でも良いのですが、実はXvidの方に問題があるらしい事が判明しました。

Xvidの方を修正すれば、以下の修正は不要です。Xvidかx264のどちらかだけ修正してください。
Xvidについての説明はこちらです。
(追記ここまで)

x264をgcc4でコンパイルしたものは、FFmpegで、-vcodec libx264 を指定するとcrashします。
gcc3では問題ありません。

ググったら、解決方法が書いてあるのを見つけました。
元ネタは、ココです。

common/i386/pixel-sse2.asmの、32〜34行目の間に、
tempb: times 4 db 0
の1行を追加します。


SECTION_RODATA

tempb: times 4 db 0
pw_1: times 8 dw 1
ssim_c1: times 4 dd 416 ; .01*.01*255*255*64
ssim_c2: times 4 dd 235963 ; .03*.03*255*255*64*63

修正後、
$ ./configure --prefix=/mingw
$ make
$ make install

以上で終了です。

#さんざん悩んだのに、こんな簡単に解決できるなんて…。orz