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FFmpegのconfigureに成功すると、以下のようなメッセージが出ます。

install prefix /usr/local
source path /c/TEMP/ffmpeg
C compiler gcc
.align is power-of-two no
ARCH x86_32 (generic)
big-endian no
yasm yes
MMX enabled yes
CMOV enabled no
CMOV is fast no
EBX available yes
EBP available yes
gprof enabled no
debug symbols yes
strip symbols yes
optimizations small
static yes
shared no
postprocessing support yes
software scaler enabled yes
new filter support no
filters using lavformat no
video hooking no
network support yes
IPv6 support no
threading support pthreads
SDL support no
Sun medialib support no
AVISynth enabled yes
libamr-nb support no
libamr-wb support no
libdc1394 support no
libdirac enabled no
libfaac enabled yes
libfaad enabled yes
libfaad dlopened no
libgsm enabled yes
libmp3lame enabled yes
libnut enabled yes
libschroedinger enabled no
libtheora enabled yes
libvorbis enabled yes
libx264 enabled yes
libxvid enabled yes
zlib enabled yes
bzlib enabled no

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libnutは、以下の場所にあったようなのですが、Downloadのページがありません。
http://www.nut-container.org/

svnがあれば、以下のように、ソースファイルを拾えます。
svn co svn://svn.mplayerhq.hu/nut/src/trunk nut
最新版は、リビジョン659です。

どこかにソースファイルを置いていないか探してみたのですが、見つからなかったので、こちらに置いておきます。
libnut-659.tar.bz2

libnut-659.tar.bz2を、適当なディレクトリに保存します。

MSYSで、ファイルを保存したディレクトリに移動し、
$ tar xjf libnut-659.tar.bz2
$ cd libnut-659

libnut/demuxer.cの16行目、ftelloをftellに変更します。
修正前) return ftello(priv);
修正後) return ftell(priv);

以上の修正が終わったら、
$ make CC=gcc
$ make PREFIX=/mingw install

以上で終了です。

NASMとYasmを、あらかじめインストールしておきます。

x264は、以下の場所にあります。
http://www.videolan.org/developers/x264.html

x264の最新情報は、ここでチェックしましょう。
http://x264.nl/

Gitがインストールされていれば、以下のようにして、ソースファイルを拾ってこれます。
$ git clone git://git.videolan.org/x264.git

Gitがインストールされていない場合でも、とりあえず、daily tarballのソースファイルを拾ってくればコンパイルできます。

ftp://ftp.videolan.org/pub/videolan/x264/snapshots/
x264-snapshot-20080815-2245.tar.bz2を、適当なディレクトリに保存します。
毎日更新されていて、日付がファイル名になっていますので、その時点でのファイル名に読み替えてください。

MSYSで、ファイルを保存したディレクトリに移動し、
$ tar xjf x264-snapshot-20080815-2245.tar.bz2
$ cd x264-snapshot-20080815-2245

libpthread.aをstaticライブラリにしているので、configureを修正します。
350、352行目の、-lpthreadGC2を、-lpthreadに変更します。

修正前)
elif cc_check pthread.h "-lpthreadGC2 -lwsock32 -DPTW32_STATIC_LIB" "pthread_create(0,0,0,0);" ; then
pthread="yes"
libpthread="-lpthreadGC2 -lwsock32"
CFLAGS="$CFLAGS -DPTW32_STATIC_LIB"

修正後)
elif cc_check pthread.h "-lpthread -lwsock32 -DPTW32_STATIC_LIB" "pthread_create(0,0,0,0);" ; then
pthread="yes"
libpthread="-lpthread -lwsock32"
CFLAGS="$CFLAGS -DPTW32_STATIC_LIB"

次に、encoder/encoder.cを修正します。
パッチファイルx264-PTW32_STATIC_LIB.diffをダウンロードして、以下のコマンドを実行。
$ patch -p0 < x264-PTW32_STATIC_LIB.diff

※gcc4でコンパイルする場合は、こちらの修正も必要です。

修正が終わったら、
$ ./configure --prefix=/mingw
$ make
$ make install

以上で終了です。